Для технологий глубокой переработки и биотехнологий характерны процессы разделения. Разделение применяется как сухим так и мокрым способами. Процессы сухого разделения применяются при отделении муки от отрубей, отделения сорных примесей в зерновых и масличных культурах, отделения крошки от гранулы в производстве комбикормов. Для этого в основном применяются вибрационные методы разделения на ситах с различным диаметром и формой отверстий.

Мокрые процессы разделения широко используются на различных стадиях процессов биотехнологических производств и глубокой переработки зерновых и масличных. Разделение производится при помощи прогрессивного оборудования, к которому относятся горизонтальные и вертикальные центрифуги, вращающиеся сита, а также мембраны с различными размерами пор и другое оборудование.

Как правило, в процессах мокрого разделения одновременно происходит концентрация и очистка разделяемых фаз. Традиционно к подобным процессам относится промывка крахмала на мультициклонах или в сепараторах.